- Undang-undang No.17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara (Tambahan Lembaran Negara RI No.4286)
- Undang-undang No.20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional (Tambahan Lembaran Negara RI No.4301)
- Undang-undang No.12 tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi (Tambahan Lembaran Negara RI tahun 2012 No.158, Tambahan Lembaran negara RI No.5336)
- Peraturan Pemerintah No.19 Tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan (Tambahan Lembaran Negara RI No.4496)
- Peraturan Pemerintah No.4 Tahun 2014 tentang Penyelenggaraan perguruan Tinggi dan Pengelolaan Perguruan Tinggi (Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2014 Nomor 16, Tambahan Lembaran Negara RI No.5500)
- Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 25 Tahun 2018 tentang Institut Agama Islam Negeri Fattahul Muluk Papua (Tambahan Lembaran Negara RI Tahun 2018 Nomor 48)
- Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia No.210/PMK.05/2022 tentang tata cara pembayaran dalam rangka pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara
- Peraturan Menteri Agama RI No.83/PMK.02/2022 tentang Standar Biaya Masuk Tahun Anggaran 2023
- Peraturan Menteri Agama Republik Indoensia Nomor 31 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2018 No.1743
- Peraturan Menteri Agama RI No.13 Tahun 2020 tentang Statuta IAIN Fattahul Muluk Papua
- Keputusan Direktur Jendral Pendidikan Islam No.1510 Tahun 2015 tentang Izin Penyelenggaran Program Studi pada Program Sarjana STAIN Al Fatah Jayapura.
- Keputusan Ketua STAIN Al Fattah Jayapura No.169.A/Sti.13.1/3.Kt/03/2017 tentang Perubahan dan Penyesuaian Program Studi Pendidikan Guru Raudlatul Athfal (PGRA) Menjadi Pendidikan Islam Anak Usia Dini pada STAIN Al Fatah Jayapura
- Rencana Strategis Institt Agama Islam Negeri Fattahul Muluk Papua Tahun 2020-2024
- Keputusan Rektor Institut Agama Islam Negeri Fattahul Muluk Papua Nomor 452/In.35/Rk/05/2020 tentang Pedoman Pendidikan IAIN Fattahul Muluk Papua Tahun 2020.
- Keputusan Rektor IAIN Fattahul Muluk Papua No.038/In.35/Rk/01/2022 tentang Penetapan Standar Mutu Pendidikan-Sistem Penjamin Mutu Internal IAIN Fattahul Muluk Papua