- Peraturan Menteri Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi No.44 Tahun 2015 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi
- Peraturan Menteri Riset Teknologi dan Pendidikan tinggi No.50 Tahun 2018 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi No.44 Tahun 2015 tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi
- Peraturan Menteri Agama No.13 Tahun 2020 tentang STATUTA IAIN Fattahul Muluk Papua
- Peraturan Menteri Agama No.31 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Fattahul Muluk Bab II Pasal 5 Tentang Fungsi Institut
- Keputusan Rektor Institut Agama Islam Negeri Fattahul Muluk PapuaTahun 2020 tentang Penetapan Rencana Strategis Institut Agama Islam Negeri Fattahul Muluk Papua Tahun 2020-2024
- Keputusan Rektor IAIN Fattahul Muluk No.416/In.35/Rk/01/2021 tentang Penetapan Standar Mutu Pendidikan-Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) IAIN Fattahul Muluk Papua
- Pedoman Pengelolaan Sumber Daya Manusia di lingkungan IAIN Fattahul Muluk Papua
- Pedoman Perekrutan Dosen di lingkungan IAIN Fattahul Muluk Papua
- Pedoman Kode Etik dosen di lingkungan IAIN Fattahul Muluk Papua
- Pedoman kode etik tenaga kependidikan di lingkungan IAIN Fattahul Muluk Papua